권리금 세금, 쇼핑몰을 팔 때 내는 세금 정리

1. 어떻게 넘기느냐에 따라 세금이 달라집니다

쇼핑몰 매각 세금은 「누가 무엇을 넘기느냐」로 갈립니다. 개인사업자는 주식이 없으니 사업 자체(스토어, 재고, 거래처, 영업권)를 넘기고, 법인은 보통 주주가 가진 주식을 넘깁니다. 같은 금액에 팔아도 내는 세금의 종류와 신고 시기가 다릅니다.

스토어 명의를 실제로 옮기는 절차는 채널마다 다릅니다. 스마트스토어는 양도양수 절차, 쿠팡은 쿠팡 스토어 매매·계정 승계, 자사몰은 자사몰 명의 이전을 함께 보세요.

이 글은 세법의 일반적인 원칙을 정리한 것입니다. 실제 세액과 신고 방법은 사업 형태와 다른 소득에 따라 달라지므로, 계약 전에 반드시 세무사에게 개별 확인을 받으시기 바랍니다.

2. 개인사업자: 권리금에 붙는 소득세

영업권만 넘기면 기타소득입니다

소득세법은 영업권을 양도하고 받는 대가를 기타소득으로 봅니다(소득세법 제21조 제1항 제7호). 쇼핑몰의 브랜드, 고객, 판매 이력, 거래처 관계처럼 장부 금액을 넘어 받는 권리금이 여기에 해당합니다. 이 소득은 받은 금액의 60%를 필요경비로 보고, 실제 들어간 비용이 60%보다 많으면 그만큼 더 빼 줍니다(소득세법 시행령 제87조 제1호의2).

토지·건물과 함께 넘기면 양도소득입니다

사업에 쓰던 토지나 건물(또는 부동산에 관한 권리)과 함께 넘기는 영업권은 기타소득이 아니라 양도소득입니다(소득세법 제94조 제1항 제4호 가목). 시행령도 기타소득인 영업권에서 이 경우를 빼 두었습니다(소득세법 시행령 제41조 제3항). 창고나 사무실 건물을 소유하고 있다가 사업과 함께 넘기는 경우가 여기에 해당하며, 60% 필요경비 대신 양도소득 계산 방식과 세율을 따릅니다. 대부분의 온라인 쇼핑몰처럼 부동산 없이 스토어만 넘기는 경우는 앞의 기타소득입니다.

인수자가 원천징수하고, 다음 해 5월에 합산합니다

• 권리금을 지급하는 인수자는 원천징수 의무자입니다(소득세법 제127조 제1항 제6호). 기타소득금액(받은 금액의 40%)에 소득세 20%(같은 법 제129조 제1항 제6호 라목)를 떼고, 그 소득세의 10%를 지방소득세로 함께 뗍니다(지방세법 제103조의13).
• 뗀 소득세는 지급한 달의 다음 달 10일까지 인수자가 납부합니다(소득세법 제128조 제1항).
• 기타소득금액이 300만 원 이하일 때만 원천징수로 끝내는 분리과세를 고를 수 있습니다(소득세법 제14조 제3항 제8호). 쇼핑몰 권리금은 대개 이 금액을 넘으므로, 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 다른 소득과 합산해 6~45% 기본세율로 다시 계산하고, 미리 뗀 세금은 빼 줍니다.

계산 예시

예를 들어 개인사업자가 부동산 없이 스토어만 넘기면서 권리금 1억 원을 받는다고 해 보겠습니다.

여기서 끝이 아닙니다. 기타소득금액 4,000만 원은 300만 원을 넘으므로 다음 해 5월에 그해 사업소득 등과 합쳐 다시 계산합니다. 다른 소득이 많으면 더 내고, 적으면 일부를 돌려받습니다. 매각하는 해에는 스토어 운영 이익도 함께 잡히니, 두 소득을 합친 예상 세액을 계약 전에 뽑아 보는 것이 좋습니다. 대략적인 숫자는 이숲 세금계산기로 먼저 확인해 볼 수 있습니다.

3. 부가가치세: 포괄양수도 요건과 대리납부

사업양도는 재화의 공급으로 보지 않습니다

부가가치세법은 사업을 양도하는 것을 재화의 공급으로 보지 않습니다(부가가치세법 제10조 제9항 제2호). 흔히 「포괄양수도는 부가세 비과세」라고 말하지만, 정확히는 애초에 과세 대상 거래로 보지 않는 것입니다. 그래서 영업권과 재고·비품을 한꺼번에 넘겨도 부가세 10%가 붙지 않고, 인수자도 큰 부가세를 먼저 마련할 필요가 없습니다.

인정받으려면 갖춰야 할 요건

• 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시켜야 합니다(부가가치세법 시행령 제23조). 스토어, 재고, 거래처, 상표·도메인, 운영 노하우를 한 묶음으로 넘기는 형태입니다.
• 미수금, 미지급금, 사업과 직접 관련 없는 토지·건물은 빼고 넘겨도 포괄 승계로 봅니다.
• 인수자가 넘겨받은 사업에 새 업종을 추가하거나 업종을 바꿔도 사업양도로 인정됩니다. 「업종이 다르면 포괄양수도가 안 된다」는 말은 현행 시행령과 맞지 않습니다.
• 반대로 핵심 재고나 주력 상품의 판매 권리를 빼고 넘기면 포괄 승계로 보기 어려워집니다.
• 파는 쪽은 폐업 후 부가세 확정신고 때 사업양도신고서를 함께 냅니다(부가가치세법 시행령 제91조 제2항).

요건이 안 되면 부가세 10%, 애매하면 대리납부

사업양도로 인정되지 않으면 영업권과 재고·비품을 넘기는 것이 일반 거래가 되어 부가세 10%가 붙습니다. 부가세법에서 재화는 물건뿐 아니라 재산적 가치가 있는 권리를 포함하므로 영업권도 과세 대상입니다(부가가치세법 제2조, 같은 법 시행령 제2조). 나중에 세무서가 포괄양수도를 부인하면 파는 쪽이 받지 않은 부가세를 추징당할 수 있습니다.

이 위험을 줄이는 장치가 대리납부입니다. 사업양도에 해당하는지 분명하지 않은 경우를 포함해, 인수자가 대가를 지급할 때 부가세를 떼어 지급한 달의 다음 달 25일까지 직접 납부할 수 있습니다(부가가치세법 제52조 제4항). 이렇게 하면 그 거래는 과세 거래로 정리되어 나중에 다툴 여지가 줄어듭니다. 어느 쪽으로 할지는 계약서에 적어 두어야 하며, 조항 쓰는 법은 양수도 계약 핵심 조항에서 다룹니다.

4. 재고와 비품은 어떻게 처리하나요?

세 번째 경우가 셀러가 가장 놓치기 쉬운 부분입니다. 팔지 못한 재고라도 사들일 때 부가세를 공제받았다면, 폐업하면서 그 재고를 스스로에게 판 것으로 보고 세금을 냅니다. 비품처럼 감가상각되는 자산은 취득가액에서 경과한 과세기간(6개월)마다 25%씩 줄여 계산하므로, 산 지 4개 과세기간이 지나면 과세할 금액이 남지 않습니다(부가가치세법 시행령 제66조 제2항). 재고가 많은 스토어일수록 사업양도로 정리하는 편이 세금과 현금 흐름 모두에서 유리합니다.

재고는 소득세에도 영향을 줍니다. 재고를 넘기고 받은 돈은 권리금과 별개의 매출이므로, 계약서에서 영업권 대가와 재고 대가를 나눠 적어야 각각의 세금이 정확히 계산됩니다. 재고 실사와 금액 확정은 매각 준비 서류와 실사를 참고하세요.

5. 법인: 주식을 넘길 때의 세금

법인이 운영하는 쇼핑몰은 보통 주주가 주식을 넘기는 방식으로 팝니다. 비상장 법인의 주식을 팔아 생긴 이익은 양도소득입니다(소득세법 제94조 제1항 제3호 나목). 법인은 그대로 남고 주인만 바뀌므로 사업자등록과 스토어는 유지되고, 부가세 문제도 생기지 않습니다.

비상장 법인에서 대주주는 직전 사업연도 말을 기준으로 본인과 가족 등 특수관계인의 지분율이 4% 이상이거나 보유 주식 시가총액이 50억 원 이상인 경우입니다(소득세법 시행령 제157조). 창업자가 자기 회사를 파는 경우는 대부분 대주주에 해당합니다. 세율 근거는 소득세법 제104조 제1항 제11호입니다.

• 예정신고: 주식을 판 날이 속한 반기의 말일부터 2개월 안에 신고합니다(소득세법 제105조 제1항 제2호). 예를 들어 3월에 팔았다면 8월 말까지입니다.
• 증권거래세: 증권사를 거치지 않고 직접 주식을 넘기면 판 사람이 양도가액의 0.35%를 같은 기한(반기 말일부터 2개월) 안에 신고·납부합니다(증권거래세법 제8조, 제10조).
• 인수자 쪽 취득세: 인수자가 주식을 사서 과점주주가 되면, 법인이 가진 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세가 나올 수 있습니다(지방세법 제7조 제5항). 부동산이나 차량이 있는 법인이라면 인수자가 미리 계산해 봐야 합니다.

주식 거래에서는 법인의 과거 세금과 부채가 그대로 인수자에게 넘어갑니다. 그래서 인수자는 실사를 더 깊게 하고 계약서에 진술·보장 조항을 요구합니다. 개인사업자와 법인 중 어느 쪽이 세후로 유리한지는 매각 금액과 다른 소득에 따라 달라지므로 일률적으로 말할 수 없습니다.

6. 매각 전후 신고 일정

폐업할 때의 부가세 과세기간은 그 과세기간 시작일부터 폐업일까지입니다(부가가치세법 제5조 제3항). 폐업일을 언제로 잡느냐에 따라 마지막 신고 대상 기간과 기한이 정해지므로, 스토어 이관 날짜와 함께 정하는 것이 좋습니다.

7. 매각 실무에서 자주 막히는 지점

세법 자체보다 거래 순서와 계약서 문구에서 세금 문제가 생기는 경우가 많습니다. 이숲이 매각을 진행하며 미리 챙기는 지점은 이렇습니다.

1. 계약서에 대가를 한 덩어리로만 적는 경우. 영업권, 재고, 비품 대가가 나뉘어 있지 않으면 기타소득 금액과 재고 매출을 나중에 다시 나눠야 하고, 원천징수할 금액도 흔들립니다. 항목별 금액을 계약서에 적어 두세요.
2. 인수자가 원천징수를 모르는 경우. 개인 인수자는 권리금을 지급하면서 세금을 떼야 한다는 사실을 모르는 경우가 많습니다. 세후 입금액과 원천징수 영수증 처리를 계약 단계에서 합의해 두어야 매도자가 다음 해에 기납부세액을 제대로 공제받습니다.
3. 주력 상품이나 재고 일부를 빼고 넘기는 경우. 일부 브랜드나 재고를 남겨 다른 사업에 쓰려다 포괄양수도가 부인될 수 있습니다. 남길 것이 있다면 대리납부를 같이 검토하세요.
4. 폐업을 먼저 하고 매각을 나중에 하는 경우. 사업양도 없이 폐업하면 남은 재고에 부가세가 나오고, 스토어 운영도 멈출 수 있습니다. 매각 계약과 폐업 일정을 한 번에 짜야 합니다. 전체 순서는 쇼핑몰 매각 절차에 정리했습니다.
5. 세전 가격으로만 협상하는 경우. 같은 매각가라도 개인·법인, 영업권·재고 구성에 따라 손에 남는 돈이 다릅니다. 희망 매각가는 세후 기준으로 정하고, 가치평가 결과와 함께 비교하는 것이 좋습니다.

자주 묻는 질문